Tom Miclot, doctorant en deuxième année de thèse, nous présente son parcours et sa thèse réalisée en co-tutelle France-Italie.
Quel est ton parcours ?
Mon parcours d'étude est assez atypique. Après mon Bac technologie en Physique et Chimie de Laboratoire, j’ai choisi de m'orienter vers le BTS Biotechnologies au lycée Stanislas à Villers-Lès-Nancy. C'est lors de ces études que j'ai eu l'opportunité de partir faire un stage de deux mois dans un laboratoire, à l'Université de Limerick (Irlande). Puis, j'ai intégré la Faculté des Sciences de Nancy en 2015 où j’ai obtenu un DEUG et une Licence en Science de la Vie. Ensuite, j’ai continué mon cursus en m'inscrivant au Master Biotechnologies - option Ingénierie Moléculaire. Là, j’ai eu un premier contact avec la recherche théorique grâce à un stage de Master 1 au sein du Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques. L’année d’après, j'ai préparé un sujet de mémoire sur les protéines répétées Armadillo, à l'Université de Zurich (Suisse). S'ajoute à cela mon entrée au Master d’Épistémologie, Logique et Histoire des Sciences (MADELHIS) à l'Université des Sciences Humaines et Sociales à Nancy. Je l’ai suivi à distance et parallèlement à la seconde année de mon premier master, ainsi que pendant ma première année de thèse en 2019. Aujourd'hui, je plonge dans ma deuxième année d'une thèse que j'effectue en cotutelle entre le Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche Chimiche e Farmaceutiche (Università degli Studi di Palermo, Italie), et le Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques (FST Nancy, France).
Je suis également étudiant entrepreneur : je suis porteur d’un projet d’entreprise innovante qui est accompagné par le Pôle entrepreneuriat étudiant de Lorraine (PEEL). Nous formons une équipe de cinq personnes et nous travaillons sur une nouvelle technologie visant à éliminer plus facilement les perturbateurs endocriniens présents dans l'eau potable. Bien sûr, ce projet n'est encore qu'à un stade embryonnaire. Vu la portée du sujet, nous espérons le voir se concrétiser d'ici quelque temps.
Sur quelle thématique travailles-tu ?
Mon sujet de thèse porte sur l'étude des lésions des acides nucléiques (ADN et ARN) et de leurs interactions avec des protéines. Afin de mener à bien mes recherches, j'utilise des techniques informatiques qui opèrent comme un « microscope virtuel » permettant d'observer les molécules à l'échelle atomique. Concrètement, j’exploite des structures résolues d’acides nucléiques et de protéines qui proviennent de banques de données telles que la Protein Data Bank ou la Nucleic Acid Database. Ensuite, j’utilise des logiciels pour modifier la structure d’un G-quadruplex (une forme particulière d’ADN à 4 brins) en lui ajoutant des lésions. Puis, j’emploie d’autres outils informatiques capables de donner le comportement des molécules dans de l’eau. En fait, il s’agit de simulations numériques qui modélisent le mouvement des atomes au cours du temps. C’est ce que l’on nomme la dynamique moléculaire. Puis, lorsque cela est nécessaire, je réalise des calculs d’énergie libre sur les modèles issus des dynamiques. Réaliser ce type de calculs permet de connaître les grandeurs d’association entre deux molécules. Par exemple, cela permet de savoir si une protéine s’associe préférentiellement avec un ADN sain, ou avec un ADN lésé.
Pourquoi as-tu décidé de faire une thèse en co-tutelle France-Italie ?
Mes voyages internationaux en Irlande et en Suisse m’ont beaucoup appris, surtout sur la valeur de la Science et le savoir-faire bâti hors de France. Alors, c’est en cosmopolite que j’ai souhaité poursuivre une thèse à l’étranger. D’abord, j’ai pensé à l’Amérique ou à l’Australie. Puis, l’occasion d’une thèse en co-tutelle m’a été présentée par Antonio Monari que je connaissais déjà depuis mon stage de Master 1 sous sa supervision. Je fus donc séduit, car j’y ai vu l’opportunité de prendre part à un projet de recherche s’inscrivant dans une portée européenne et pluridisciplinaire, avec la promesse d’un double diplôme décerné par chaque université.
Outre le haut intérêt scientifique, la thèse en cotutelle est avant tout un échange : elle concrétise l’aspiration justifiée de chercheurs à fonder un projet commun et marque la volonté d’établir et de valoriser une science libre dans une société mondialisée. En fait, la co-tutelle symbolise la détermination de plusieurs acteurs visant à promouvoir l’ouverture de la science, tant à l’échelle locale que dans la dimension internationale.
Que fais-tu en Italie ?
Le LPCT à Nancy est spécialisé en recherche théorique, mais le laboratoire italien dispose d’un équipement expérimental important et me permet d’étudier et de caractériser les structures G-quadruplex. En fait, modèles théoriques et expériences se complètent.