Aurélie Gueudin est maître de conférences à l’Institut Elie Cartan de Lorraine. L’an dernier, le groupe de travail qui se réunit chaque semaine pour traiter de statistiques a accueilli un exposé consacré à la modélisation de réseaux de gènes en biologie. Le sujet a attiré Aurélie Deveau : chargée de recherche au laboratoire Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), elle étudie les interactions entre les bactéries et les champignons. Très vite, l’idée germe de nouer une collaboration avec des collègues du LORIA et du CRAN.
« Dans un gramme de truffe, on dénombre un million de bactéries. Grâce aux nouvelles techniques de séquençage ADN, nous sommes en mesure de caractériser l’essentiel des espèces microbiennes présentes » explique Aurélie Deveau, « reste à tirer parti de cet inventaire pour comprendre l’impact des bactéries sur leur écosystème ». Dans le cas de la trufficulture, l’enjeu est de taille puisque la maturation du précieux champignon pourrait bien dépendre des interactions entre tous ces microorganismes, dont moins de 1% peuvent être cultivés en vue de manipulations en laboratoire.
Les données biologiques ont été confiées aux statisticiens et aux informaticiens, mis au défi d’élaborer des modèles d’analyse à même d’indiquer quels microorganismes interagissent ensemble. « Mais les statisticiens ont besoin de larges jeux de données, or nous ne pouvions pas en fournir tant » déplore Aurélie Deveau qui a pu recueillir un jeu de données élargi grâce au soutien du programme Projets Exploratoires Premier Soutien, PEPS Mirabelle 2014 dont le projet Truffinet est lauréat. Pour analyser ces données, « nous formulons diverses hypothèses simplificatrices pour faire émerger un système applicable à la truffe, mais aussi à d’autres situations » ajoute Aurélie Gueudin. La mathématicienne compte sur la comparaison des résultats statistiques avec les connaissances détenues par les biologistes pour valider ou non les modèles d’analyse déployés.
Bien que les chercheurs du CRAN soient plus coutumiers du traitement d’importants jeux de données, ils apportent leur concours à la partie conceptuelle du projet. Quant aux chercheurs du LORIA, il s’agit de faire bénéficier Truffinet de leurs compétences en algorithmique et en fouille de graphes. Quelle que soit l’issue de cette recherche exploratoire, la collaboration interdisciplinaire est un succès. « Nous nous comprenons bien, même si nous venons de disciplines différentes » constate Aurélie Gueudin. « Chacun a su se mettre au niveau de l’autre et faire abstraction du jargon propre à sa discipline » ajoute Aurélie Deveau.
