Jean-Paul Montagnier est l’auteur d’un ouvrage consacré aux livres de chœur de l’époque baroque. Publié en anglais aux presses de l’université de Cambridge, l’ouvrage constitue la première étude de cette ampleur consacrée aux messes publiées en France en format de livre de chœurs à l’époque baroque.
« Il n'y avait aucun ouvrage sur ce sujet, qui demeure encore très négligé » explique ce professeur de musicologie au centre de recherche universitaire lorrain d’Histoire (CRULH)
Bien que les arrangements musicaux de l'Ordinarium missæ et de la Missa pro defunctis aient fait l'objet de nombreuses études, l'évolution stylistique des messes polyphoniques composées en France aux XVIIe et XVIIIe siècles a été négligée en raison du travail que représentait la mise en partition des quatre parties vocales réparties sur les pages des livres de chœur parvenus jusqu’à nous. Jean-Paul Montagnier a examiné de près les livres de chœur imprimés, gravés et imprimés contenant ce répertoire. Son ouvrage se concentre principalement sur la musique telle qu'elle nous est conservée. Après avoir retracé l'histoire de la publication des livres de chœur, l'auteur situe les messes dans leur contexte social, liturgique et musical. Il montre que leur style n'adhérait pas strictement au stile antico, mais pouvait aussi employer le langage musical le plus contemporain.
Au moment où il s’est engagé dans l’écriture de « The Polyphonic Mass in France, 1600-1780: The Evidence of the Printed Choirbooks », Jean-Paul Montagnier avait réuni toute la documentation et le corpus transcrit. Il avait travaillé jusqu’alors plus particulièrement sur la musique religieuse à la Chapelle du Roi et sur Henry Madin, un compositeur lorrain. Pour cette étude, « il a fallu réunir un corpus dispersé dans de nombreuses bibliothèques étrangères et le transcrire pour que les partitions soient lisibles. Il a fallu ensuite croiser ces transcriptions avec les documents plus classiques afin de dresser un contexte plus large ».
Désormais, Jean-Paul Montagnier poursuit ses recherches autour de la musique religieuse dans les provinces françaises des XVIIe et XVIIIe siècles.