En attendant de connaître les nouveaux lauréats du 15ème épisode du dispositif DrEAM, découvrez l'interview d'Emma Corre et Elodie Muller, doctorantes à l'UMR IAM et lauréates du précédent épisode.
Qui êtes-vous ?
Emma Corre (E. C.) : Je suis Emma Corre, en 2e année de thèse en Biologie et écologie des forêts et des agrosystèmes et mon sujet est : l'invasion des génomes de Pucciniales (c'est-à-dire les champignons responsables des maladies dites de rouille chez les plantes) par les éléments transposables (des éléments génétiques mobiles dans les génomes) et notamment sur la compréhension de l'impact des évènements de transposition vis à vis de l’évolution des virulences fongiques et des interactions avec leurs plantes hôtes. Je fais ma thèse dans l’UMR Interactions Arbres-Microorganismes sur le Centre INRAE Grand Est-Nancy et mes superviseurs sont Sébastien Duplessis (UMR IAM, INRAE-Université de Lorraine) et Cécile Lorrain (chercheuse à l'ETH de Zurich en Suisse). C’est une thèse en génomique et bioinformatique (qui est ma formation initiale).
Elodie Muller (E. M.) : Je suis Elodie Muller, en 2e année de thèse entre l’UMR IAM équipe ECPF à Champenoux et le LSV unité de mycologie à Malzéville (Anses). Mon sujet de thèse porte sur les conditions d’émergence d’un pathogène envahissant de l’érable sycomore : Cryptostroma corticale.
Pourquoi avoir choisi l'Australie pour vous Emma et les Etats-Unis pour vous Elodie ? Quelle sera la durée de votre séjour ?
E. M. : Le choix s’est porté sur les Etats-Unis de part la présence d’un partenariat préexistant avec Oregon State University et le laboratoire de Jared LeBoldus qui était d’ailleurs venu à INRAE entre février et juillet 2023. De plus, la maladie de la suie est également émergente aux Etats-Unis sur l’érable à grandes feuilles (Acer macrophyllu). Cet échange durera 3 mois et aura pour objectif de développer mes compétences en bio-informatique et l’analyse de données de génomique des populations. De plus, la rédaction d’une publication commune sur ces travaux sera l’occasion d’en apprendre davantage sur la gestion de projets internationaux. L’opportunité de cette mobilité me permettra également de me rendre sur le terrain afin d’observer la maladie de la suie dans un environnement différent. De plus, un échange à l’international est une opportunité d’enrichir son réseau, d’acquérir des compétences ciblées mais également transversales et personnelles.
E. C. : J'ai toujours souhaité travailler à l'international, cette mobilité va me permettre de renforcer une collaboration avec une bioinformaticienne de renom ; la Dr Jana Sperschneider. Je n'ai pas choisi la destination par hasard ! C'est au CSIRO de Canberra en Australie que travaille la Dr Sperschneider, spécialiste de l’assemblage de génomes larges et complexes riches en éléments répétés chez les champignons. Cette mobilité me permettra de développer des compétences nouvelles en génomique et de mettre à disposition de la communauté de nouveaux génomes résolus à l'échelle chromosomique. Ce séjour va durer 2 mois, et je le complèterai par des analyses dans le cadre d'une autre mobilité à l'ETH de Zurich grâce à un soutien du LabEx Arbre (projet Graines d’Artemis PRETE).
Quel est l’intérêt de ce séjour pour votre sujet de thèse ?
E. C. : Pour ma thèse, cela me permettra d'avoir de nouveaux génomes à disposition avec une résolution encore jamais obtenue pour ces espèces : ces génomes seront -enfin!- sous la forme de chromosomes complets de bout en bout (de télomère à télomère sans trous, ce qui n’est pas si trivial en génomique !). Ces génomes me permettront de réaliser un des axes majeurs de ma thèse sur l'analyse des éléments transposables chez les agent de la rouille foliaire du peuplier Melampsora larici-populina et Melampsora allii-populina.
E. M. : Les maladies émergentes menacent significativement les écosystèmes forestiers, en altérant leur fonctionnement et les services qu’ils fournissent. Les causes principales de l’émergence de maladies en forêt sont l’invasion de microorganismes exotiques ou le changement climatique. La maladie de la suie de l’érable, causée par le champignon invasif Cryptostroma corticale et favorisée par les sécheresses et les canicules, en est un exemple. Cette maladie, signalée pour la première fois dans un parc de Londres en 1945, émerge en Europe depuis les années 2000 et dans le nord-ouest du Pacifique aux États-Unis depuis 2017, favorisé par l’évolution du climat. L'épidémiologie de ce pathogène invasif, n'est pas bien comprise : avec une propagation relativement lente au cours des 50 premières années de présence en Europe, suivie d'une forte augmentation du nombre de foyers au cours des 20 années suivantes (2000-2020). La génomique des populations utilisant des séquences de génomes entiers peut être utilisée pour mieux connaitre les schémas de propagation de C.corticale. Ce projet vise donc à évaluer la structure de la population et la diversité génomique du pathogène dans sa zone de distribution, y compris la population indigène de l'est de l'Amérique du Nord, et dans les zones envahies du nord-ouest du Pacifique des États-Unis et de l'Europe, à différents moments.
Comment avez-vous connu ce dispositif de financement ?
E. M. : Ce dispositif de financement nous a été présenté à la réunion de rentrée de l’école doctorale. Suite à cette présentation, j’ai pu discuter avec un doctorant ayant lui-même eu la chance d’être financé par DrEAM pour un échange en Suisse. Ces retours étant particulièrement encourageants, j’ai présenté ce dispositif de financement à mes encadrants afin de compléter le budget prévu pour cette mission.
E. C. : J'ai connu ce financement par l’information reçue régulièrement de l’université par le directeur de l’unité et notre chef d’équipe. Mon directeur de thèse (une de ses précédentes doctorantes a bénéficié par deux fois d’un soutien DrEAM pour le Québec et la Suisse) et d'autres doctorant.e.s qui ont pu effectuer une mobilité internationale avec le soutien de DrEAM m’avaient recommandé ce dispositif.
Est-ce simple d'y candidater ?
E. C. : Oui, il y a plusieurs appels par an. La demande se fait via la Maison du Doctorat dans ADUM et consiste au dépôt d'un dossier très simple et court expliquant le projet de la mobilité, le budget estimé ainsi que l'apport de cette mobilité à différentes échelles (personnelle, inter-laboratoire, au sein du projet scientifique).
E. M. : Oui très simple, le questionnaire est assez court et ne demande pas d’avoir un budget parfaitement finalisé.
Vous nous enverrez des photos ?
E. M. & E. C. : Bien évidemment !
On vous souhaite un bon séjour Elodie et Emma !
Vous souhaiteriez vous aussi partir à l'étranger durant votre thèse ?
Déposez votre candidature avant le 10 juin, 23H59, ou lors d'un prochain épisode !
- Plus d'informations : https://doctorat.univ-lorraine.fr/fr/international/dream