[INFRA+] Une instrumentation de pointe pour l’identification et la quantification des protéines

Courant septembre 2025, un nouvel équipement d’analyse protéomique a été installé au Service Mutualisé de Plateformes (SMP) IBSLor du pôle Biologie Santé (Campus Brabois Santé). Couplant 4 méthodes orthogonales de caractérisation moléculaire, il permet une profondeur analytique inégalée sur mélanges biologiques complexes.

Factuel : Pouvez-vous nous présenter votre plateforme ?

Les protéines sont les éléments fonctionnels de tous les organismes vivants, qui en possèdent des milliers de différentes, complémentaires les unes aux autres. Ce sont des molécules complexes dont le moindre défaut intrinsèque (en raison de mutation génétique) ou extrinsèque (en raison de modification chimique anormale) ou quantitatif peut expliquer une maladie. Le Service Mutualisé de Plateformes (IBSLor) du pole Biologie-Médecine-Santé de l’Université de Lorraine comprend 6 plateformes technologiques, dont une plateforme d’analyse protéomique, qui est hébergée au biopôle, sur le campus Médecine-Santé de Brabois. Elle propose ses services analytiques à toute la communauté scientifique depuis 2011, sous forme de prestations de service. Son fonctionnement implique 1 IR CNRS (Jean-Baptiste Vincourt), 1 IE UL (Déborah Helle) et 1 MCU UL (Hortense Mazon).

Factuel : Pouvez vous nous décrire à quoi sert ce nouvel appareil et comment il enrichi la plateforme ?

Ce nouveau spectromètre de masse permet d’identifier et de quantifier les protéines, mais aussi leurs modifications chimiques, à partir d’échantillons biologiques complexes, avec une profondeur analytique inégalée : à titre de comparaison, il permet d’identifier 100 fois plus de protéines différentes que l’instrument dont nous disposions précédemment ! Les raisons à cette amélioration sont nombreuses, mais la spécificité de ce modèle est d’apporter une dimension analytique supplémentaire : avant de mesurer les masses des molécules avec une grande précision, il analyse le volume qu’elles occupent dans l’espace. C’est le seul instrument de ce type en Lorraine-Champagne-Ardennes ; couplé aux expertises des personnels de la plateforme, il permet des analyses d’une exhaustivité rare dans le monde, notamment dans le domaine des tissus conjonctifs, qui sont le siège de la plupart des maladies associées au vieillissement chez l’homme. Mais c’est un atout pour l’ensemble des biologistes, y compris microbiologistes et végétalistes.

Factuel : A quel besoin scientifique ou d’usage répond le nouvel appareil ?

La force de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse est de permettre une analyse non biaisée des différences entre des groupes d’échantillons, afin de mettre à jour des processus biologiques insoupçonnés ou de mieux définir leurs acteurs moléculaires. Mais la contrepartie a longtemps été une profondeur analytique limitante. Le TimsTOF Pro2 franchit allégrement cette limite dans l’immense majorité des situations et est donc un outil précieux d’exploration des mécanismes biologiques de manière générale.

Factuel : A qui est-il destiné ?

Son utilisation est ouverte à tous les biologistes, quel que soit leur statut. Cependant, son pilotage est complexe et ses composants sont très fragiles. L’utilisateur ne réalise donc pas lui-même les analyses. Il doit solliciter le responsable de la plateforme, qui le conseillera sur la mise en œuvre de ses expériences après signature de la charte d’utilisation de la plateforme. A l’issue des échanges, un devis de prestation analytique, couvrant les frais des analyses pour la plateforme (consommables, maintenances, éventuellement amortissement et salaires des personnels, selon le type d’utilisateur) sera ensuite proposé à l’utilisateur, qui devra engager le bon de commande correspondant avant réalisation des prestations, comprenant analyse physique, statistique et rapport détaillé, par les personnels de la plateforme.